Avec la mise en eau du premier barrage d'Assouan en 1902, le temple était promis à une mort lente. Les eaux du lac submergeaient colonnes et pylônes, et ce n'était plus que durant les deux mois de l'année où l'on ouvrait les vannes que réapparaissait en partie l'ancien sanctuaire d'Isis. On s'y promenait alors en barque. Bien après vint la construction du Haut Barrage, et le sauvetage du temple de Philae. Les travaux lancés en 1972, s'achevèrent huit ans plus tard.

       Le temple de Philae est le sanctuaire principale d'Isis. Il date des époques Ptolémaïque et Romaine.

   Au VIe siècle le vestibule fut transformé en église par les chrétiens. Sur les murs de nombreuses croix soulignent la nouvelle orientation du lieu de culte, vers l'est, où fut dressé un autel de pierre toujours en place.

   Sur le mur de droite du sanctuaire, on peut voir, en deux tableaux, Isis allaitant Horus.

   Au sud de l'île, s'élèvent les colonnes du kiosque de Trajan, construit sous le règne de cet empereur. Il servait de reposoir à la barque sacrée de la déesse Hator.